Du er en Shaper, der dukker op fra hvælvingen efter årtusinder med ingredienserne til at genoprette Gaia og dets økosystem til dets tidligere herlighed! Arbejd sammen med viceværtrobotten for at få prestige, mens du genopretter landets ødelagte biomer til deres tidligere pragt, genbefolker gamle og nye arter og giver liv til et forynget økosystem. Saml sjældne ressourcer som næringsstoffer og energi for at vokse hurtigere, men bemærk, at nye biomer også giver ressourcer til dine rivaliserende fraktioner.
Shapers of Gaia indeholder seks Shapers, som alle er forskellige, og i løbet af spillet skal du bruge dine unikke evner til at komme ud på toppen, mens du konkurrerer med andre om ressourcer og prestige. Få prestige ved at arrangere dyr i henhold til deres etablerede adfærd, indsamle DNA-prøver og låse op for nye Shaper-evner. Kun den Shaper, der har mest prestige ved spillets slutning, får lov til at slutte sig permanent til viceværten som vogtere af den genfødte Gaia.