I Underwater Cities, som tager ca. 30-45 minutter pr. spiller, repræsenterer spillerne de mest magtfulde hjerner i verden, hjerner, der på grund af jordens overbefolkning er nomineret til at etablere de bedste og mest beboelige undervandsområder som muligt.
Hovedprincippet i spillet er kortplacering. Tre farvede kort placeres langs kanten af hovedpladen i 3 x 5 felter, som også er farvede. Ideelt set kan spillerne placere kort i felter med samme farve. Så kan de udføre både handlinger og fordele: den handling, der er afbildet i feltet på spillepladen, og også den fordel, kortet giver. Handlinger og fordele kan give spillerne mulighed for at indtage råmaterialer; at bygge og opgradere bykupler, tunneler og produktionsbygninger såsom gårde, afsaltningsanlæg og laboratorier i deres personlige undervandsområde; at flytte deres markør på initiativsporet (hvilket er vigtigt for spillerækkefølgen i næste tur); at aktivere spillerens "A-kort"; og at samle kort, både specielle og grundlæggende, der giver bedre beslutningsmuligheder i løbet af spillet.
Alle de næsten 220 kort - uanset om de er specielle eller basale - er opdelt i fem typer alt efter, hvordan og hvornår de bruges. Undervandsområder er planlagt til at være dobbeltsidede, hvilket giver spillerne mange muligheder for at opnå VP'er og endelig vinde.