Munchkin Side Quests er en mini-udvidelse på 30 kort til ethvert Munchkin-grundspil, som danner sit eget spil med hemmelige mål. Spillerne trækker disse hemmelige mål, og når et mål er fuldført, får spilleren en bonus! Når en spiller har gennemført tre forskellige quests, er det næste monster, han kæmper imod, en sejr i hele spillet, uanset hvilket niveau han er på.